上海航务治理处是隶属于上海市交通运输和口岸治理局的上海地方航务专管机构，兼挂上海市地方海事局和上海市船舶磨练处两块牌子，同时行使上海市地方海事和船舶磨练的行政执法职能。
主要负担本市地方海事、水路运输、内河口岸、内河航道、海员证件、船舶磨练等行政执法和治理职能，依法维护内河水上交通平安和水运市场秩序。
上海航务治理处下设办公室（党委办公室）、组织人事科、工会（团委）、监察（审计）室、法例室、企图财政（稽征）科、装备治理科、信息手艺科、安委办（总值班室）、水路运输治理科、内河口岸治理科、通航平安治理科、船舶危防治理科、海员证件治理科、航道治理科、工程治理科、船舶磨练中央、后勤服务中央、培训中央、市区航务治理所（直属海事处）、检查（督察）大队、苏申内港线省际检查站、杭申线省际检查站、长湖申线省际检查站等机构。