重庆市商业委员会主要职能为：贯彻实行国家商品流通、餐饮服务业的目标、政策和执法、法例；研究制定全市商业革新、进展和开拓市场、促进大流通；制订全市商业进展战略计划和规划，并组织实行等。
重庆市商业委员会内设办公室、政策法例处、计划财政处、市场秩序处、流通处（重庆市商业网点办公室）、会展处（重庆市政府会展办公室）、餐饮住宿业处、社区商业服务业处、商务互助处、科技信息处、市场运行监测处、保供应急处（重庆市政府主要商品保供应急办公室）、粮油治理处、粮油调控处、军粮供应治理处、特种商品治理处（重庆市再生资源接纳治理办公室、重庆市老旧汽车更新办公室、重庆市散装水泥推广办公室）、酒类治理处（重庆市酒类治理局）、执法监视处（粮食监视检查处）、组织人事处、宣传教育处等机构。