厦门边检 始设于1684年，至今已有330年的历史。
当前下辖办公室、法例处、关税处、审单处、羁系通关处、加工商业羁系处、稽察处、风险治理处、企业治理处、总合统计处、手艺处、缉私局、政治部办公室、人事处、教育处、离退休干部办公室、头脑政治事情办公室、监察室、督察内审处、财政处、关务保证处、基建办、驻海沧做事处、驻高崎做事处、驻同安做事处、驻邮局做事处、驻国际邮轮港做事处、东渡边检 、厦门高崎机场边检 、象屿保税区边检 、泉州边检 、漳州边检 、东山边检 、龙岩边检 、数据分中央、机关服务中央、训基地、厦门边检 学会、报关协会、统计学会。
厦门边检 地处海峡西岸中央区域和对台事情前沿，统领规模包含厦门、漳州、泉州和龙岩4地市，总面积4.42万平方公里，海岸线长1474公里。
关区主要具有开放型经济进展水平较高、营业门类齐全、对台特色鲜亮三个突出特色。