福建海事局是隶属于交通运输部的行政机构，下辖一个副局级建制厦门海事局、五个正处级建制分支海事局（宁德、福州、莆田、泉州、漳州海事局）、一个正处级建制通讯中央和一个正处级建制服务中央，主要行使国家水上平安监视和防止船舶污染、船舶及海上设施磨练、航海保证治理和行政执法，并推行交通部平安制造等治理职能。
福建海事局内设通航治理处、指挥中央、船舶监视处、海员治理处、危管防污处、船检治理处、平安治理系统审核办公室、法例规范处、办公室、人事教育处、财政会计处、企图基建处、审计处、规费征稽处、信息化纤作办公室、党委事情部、纪检监察处、工会、海事进展战略研究中央、海员考试中央20个处室。