太湖流域治理局创建于1984年，其前身是1964年建立的太湖水利局，是国家水利部在太湖流域、钱塘江流域和浙江省、福建省（韩江流域除外）规模内的派出机构，代表水利部行使所在流域内的水行政主要职责，主要卖力保证流域水资源的合理开发使用、流域水资源的治理和监视和水资源庇护事情，以及防治流域内的水旱灾难，指示、协调流域内水土流失防治事情等。
太湖流域治理局现内设办公室、计划企图处、水政水资源处、财政处、人事处、建设与治理处、平安监视处、科技外事处、防汛抗旱办公室、监察处、直属机关党委、太湖工会等枫构；含太湖流域水资源庇护局单列机构；拥有太湖流域治理局水文局、太湖流域治理局水利进展研究中央、太湖流域治理局总合事业进展中央、太湖流域治理局苏州治理局、太湖流域治理局苏州培训中央、太湖流域治理局太湖流域水土保持监测中央站等六个事业单元。