福建海事局为正局级建制，隶属交通运输部区域海事治理机构，下辖平潭海事局、厦门海事局、福州海事局、宁德海事局、莆田海事局、泉州海事局、漳州海事局7个分支机构和后勤治理中央。
统领区域为：北界线：自福鼎沙埕港北点，沿118°方位线向东南延至27°00′00″N纬度线，再沿27°00′00″N 纬度线向正东延伸。
南界线：自福建、广东省分界线沿117°14′00″E经度线向正南延伸至23°30′00″N纬度线，再沿23°30′00″N纬度线向正东延伸。
福建海事局机关内设办公室、法例规范处、总合企图处、财政审计处、人事教育处、指挥中央（搜救中央办公室）、通航治理处、船舶监视处、海员治理处、危管防污处、平安治理处、基建装备处、规费征稽处、科技信息处、党组事情部（组织处）、宣传处、纪检监察处、直属机关党委办公室（工会办公室）等18个处室及福建海事局政务中央、福建海事局海员考试中央等2个处室做事机构。