上海市口岸服务办是上海市人民政府直属机构，主要具有加入研究起草本市口岸总合治理地方性法例、规章草案和政策，研究制订口岸总合治理规范性文件；牵头组织本市口岸对外开放计划和年度企图的编报；卖力本市口岸新开放、扩大开放、暂时开放以及非开放区域暂时收支等的初审和报批的管理事情；统筹协调并督促落实口岸检验配套设施的计划、设计、投资和建设；卖力本市特别羁系区域的检验配套设施计划和建设的协调；卖力本市口岸“大通关”协调服务事情；协调推进本市口岸与外省市口岸跨区域“大通关”互助以及口岸国际互助交流等职责。
上海市口岸服务办内设总合处、组织人事处、政策法例处、口岸治理处、通关协调处五个机构，下设上海市口岸服务办公室洋山做事处、上海市口岸服务办公室机场做事处、上海市口岸服务办公室浦东做事处、上海市口岸服务办公室浦江做事处四个派出机构。