北京边检总站直属于中华人民共和国警察部收支境治理局，是国家设立在北京口岸的行政执法机关，依法推行对北京口岸出、入境职员及其行李物品、交通运输工具及其载运的货物实行边防检查，对出、入境交通运输工具举行监护，对口岸限制区域举行警戒，维护出境、入境秩序，执行主管机关给予的和其他执法法例划定的使命等职责。
北京边检总站机关设办公室、政治处、督察处、边检处、后勤处和手艺处。
机关直属单元设培训中央、督察队、服务中央和手艺保证队。
下设北京收支境边防检查站和北京铁路西客站收支境边防检查站、边防检查一队、边防检查两队、边防检查三队、边防检查四队、特别勤务检查队和遣返审查所。
卖力首都国际机场、北京铁路西客站候车室的收支境边防检查及北京周边机场的暂时收支境边防检查使命。