福建省港航治理局是直属于福建省交通运输厅的全省港航事业治理机构，也是福建省省级水上交通运输产业治理全职能局，主要负担全省口岸、航道等水运工程项目及水运产业的计划、建设、治理等事情，与福建省地方海事局、福建省船舶磨练局施行三块牌子一套班子，下属事业单元福建省港航勘探设计院。
同时加挂南京军区驻福建省航务军事代表处牌，负担协调保证军事物资和职员运输及战备演练等军事使命，确保水路军事交通运输事情顺遂开展。
福建省港航治理局详细卖力指示全省水路运输枢纽计划，承办岸线资源使用审核审批事情；承办水路工程建设项目开端设计、开工存案、完工验收、招投标等的审核审批；组织开展全省水路建设和运输市场信用系统建设；指示水路交通战备工程建设；实行航道及其设施维护的产业治理；指示实行全省口岸集疏运、制造谋划、平安制造治理及船舶引航治理事情；负担全省水路运输产业治理；承办水路运输及其辅助业谋划资格审核审批；加入水路交通国际互助交流以及对台运输事情等。