国家海洋局东海分局成立于1965年。是国家海洋局在东海设立的国家海洋行政主管部门，负责监督管理海域使用和海洋环境保护，依法维护海洋权益，管理东海海洋监测队。它代表国家海洋局在东海地区履行海洋行政职能。履行中华人民共和国管辖海域内的海洋监督管理职责，从北面的江苏省连云港市到南面的福建省东山县赵安图市国家海洋局东海分局目前拥有东海监测中心、上海海洋预报中心、厦门、宁波、温州海洋预报站以及中国巡逻第4、5、6支队等技术力量雄厚的单位。具备海洋地质勘探、水下地形测量、海洋环境监测、水动力要素观测、气象要素观测、生物物种识别、放射性残留物分析、海洋环境要素预测和海洋灾害预测等能力。分局下设11个办公室(信息办公室和安全办公室)、政策法规和规划办公室(监督管理办公室)、海岛管理处、海洋环境保护办公室、海洋科技办公室、海洋预报减灾办公室(海洋服务和安全办公室)、人事处(东海军团政治部)、财务处(资产管理处)、党委办公室、纪检监察办公室(审计局)和退休办公室中国海监东海总队有五个办公室:指挥部办公室、行政执行办公室、权利执行办公室、设备技术办公室和保密办公室。
国家海洋局南海分局是国家海洋局在南海的海事管理机构。下设办公室(信息办公室、安保办公室)、政策法规规划办公室(监督管理办公室)、海岛管理办公室、海洋环境保护办公室、海洋科技办公室、海洋预报减灾办公室、人事处(总政办公室)、财务处(资产管理办公室)、党委办公室、纪检监察办公室(审计局)等部门。主要依照国家有关法律法规，代表国家海洋局履行南海区域海洋行政职能，在该海域组织开展海洋行政管理、执法监督和公益服务等工作国家海洋局南海分局目前设有南海规划与环境研究所、南海环境监测中心、南海测量技术中心(南海浮标中心)、南海预报中心、南海信息中心、南海分局服务中心、深圳海洋环境监测中心站(深圳海洋预报站)、珠海海洋环境监测中心站、汕尾海洋环境监测中心站、北海海洋环境监测中心站