国家海洋局南海分局是国家海洋局在南海的海事管理机构。下设办公室(信息办公室、安保办公室)、政策法规规划办公室(监督管理办公室)、海岛管理办公室、海洋环境保护办公室、海洋科技办公室、海洋预报减灾办公室、人事处(总政办公室)、财务处(资产管理办公室)、党委办公室、纪检监察办公室(审计局)等部门。主要依照国家有关法律法规，代表国家海洋局履行南海区域海洋行政职能，在该海域组织开展海洋行政管理、执法监督和公益服务等工作国家海洋局南海分局目前设有南海规划与环境研究所、南海环境监测中心、南海测量技术中心(南海浮标中心)、南海预报中心、南海信息中心、南海分局服务中心、深圳海洋环境监测中心站(深圳海洋预报站)、珠海海洋环境监测中心站、汕尾海洋环境监测中心站、北海海洋环境监测中心站